Werner Egk wurde am 17. Mai 1901 als Werner Mayer in Auchsesheim (heute ein Stadtteil von Donauwörth), Bayern, geboren. 1921 nahm er privat Theorie-, Kompositions- und Dirigierunterricht bei Carl Orff in München. In diesem Jahr ergab sich der erste Kontakt zum Theater; Egk arbeitete als Inspizient, Kulissenmaler und Leiter der Bühnenmusik an einer Schwabinger Bühne. 1922 begann er ein Studium der Philosophie und der Musikwissenschaft (bei Adolf Sandberger) an der Universität München. Seit seiner Heirat mit der Geigerin Elisabeth Karl im Jahr 1923 führte er den Künstlernamen Egk. Nach einem einjährigen Italienaufenthalt (1926/27) nahm er ein Engagement als Kapellmeister eines Kinoorchesters in München an. Ein Jahr später übersiedelte er nach Berlin, wo er Kontakte u.a. zu Kurt Weill, Erich Mühsam, Jürgen Fehling, Bertolt Brecht und Erwin Piscator knüpfte; im gleichen Jahr kehrte er wieder nach München zurück. In dieser Zeit begann eine intensive Zusammenarbeit mit dem Rundfunk, die zu einer Reihe von Kompositionen für das junge Medium führte.

Der internationale Durchbruch als Opernkomponist gelang Egk mit der Oper Die Zaubergeige (UA Frankfurt 1935), die in den folgenden Jahren eine der meistgespielten deutschen Opern war. 1936 erfolgte die Berufung als Kapellmeister an die Staatsoper Berlin, 1941 schloss Egk einen fünfjährigen Werkvertrag mit der Oper Frankfurt ab. Im gleichen Jahr wurde er zum Leiter der "Fachschaft Komponisten" in der Reichsmusikkammer berufen. Sein engagiertes Eintreten für die Rechte und Belange seiner Berufskollegen setzte Egk auch nach dem Krieg in leitenden Positionen in der GEMA und in internationalen Verwertungsgesellschaften fort, so als Vorsitzender im Beirat der GEMA (ab 1950), als Präsident des Deutschen Komponistenverbandes (ab 1954) und als Präsident des Deutschen Musikrates (ab1968).

Aufsehen erregte 1948 die szenische Uraufführung des  Abraxas in München, weil das Ballett nach wenigen Vorstellungen durch den bayerischen Kultusminister Alois Hundhammer abgesetzt wurde. 1950-53 wirkte Egk als Professor für Komposition und Direktor der Musikhochschule in West-Berlin. 1954 verpflichtete Staatsintendant Rudolf Hartmann ihn zur Einstudierung und Leitung aller Aufführungen seiner Opern und Ballette an der Bayerischen Staatsoper. Dieser Vertrag endete nach 20 Jahren in der Amtszeit von Hartmanns Nachfolger Günther Rennert.

Für sein nahezu alle musikalischen Gattungen umfassendes kompositorischen Schaffen wurde Egk vielfach ausgezeichnet, so u.a. mit dem Ehrenpreis der Stadt München (1972), dem Stern zum Großen Verdienstkreuz der Bundesrepublik Deutschland (1970), der Goldenen Medaille für Kunst und Wissenschaft der Stadt München (1966), dem Bayerischen Verdienstorden (1962) und dem Berliner Kunstpreis (1950).

Werner Egk starb am 10. Juli 1983 in Inning.